對于印染和石油化工這類COD、BOD含盆較高的廢水，錳砂濾料也可用于二級處理組合系統。在二級生化降解處理工序中，錳砂濾料多用作各種新型高負荷生化反應器的生物膜載體填料，可以富集有機物，提高生化降解速率和最終轉化率，還能夠提高反應器高負荷水質水量沖擊。同時，錳砂濾料作為生物膜載體，還能夠形成生物錳砂濾料，極大地延長了錳砂濾料的使用壽命。

在工業廢水中水回用處理中錳砂濾料在一級、二級、三級處理工序中均可使用。對于污染成分復雜的工業廢水，多數情況下需要將幾種處理工藝組合起來進行處理，錳砂濾料往往在中水回用工藝中最后的深度處理中應用。另外，錳砂濾料可以與不同的材料聯合應用，組成新的工藝技術，以取得更好的處理效果.